Kvalita vody v nádržích
Vzhledem k celkem velké úživnosti pražských vod (množství dusíku a fosforu) je nastolení rovnováhy mezi čistotou vody a rybí obsádkou velice problematické. Při nízké rybí obsádce a vyšší průhlednosti dochází k rozvoji vodních rostlin (vláknitých řas, rdestu kadeřavého, růžkatce aj.), což je často negativně vnímáno veřejností. Při vyšších obsádkách sice k nežádoucímu rozvoji vodních rostlin nedochází, voda je ale zakalenější a na nádrži výrazně klesá druhová diverzita.
Problém je i dotace sinic z rybníků nad Prahou, které jsou obhospodařovány intenzivně a kvalita vody se zde neřeší.
